体育教学部是学校体育教育的职能部门，在校党政领导下开展学校体育教学和体育活动，下设综合办公室和体育教学教研室、群体竞赛教研室、体质健康教研室、体育科学研究室。体育教学部党总支设教工第一、第二支部。

体育教学部现有教职工38人，其中教授1人，副教授15人，讲师13人；博士4人，硕士16人；国家级裁判员1人，国家一级裁判员7人。建有体育馆、综合训练馆、乒乓球房、形体房、健身房以及室外健身路径多套、现有篮球场40片、排球场10片、网球场10片、标准田径场3片（塑胶田径场），标准足球场3片（人工草坪足球场）。

体育教学部积极贯彻落实教育部颁发的《学校体育工作条例》、《全国普通高等学校体育课程教学指导纲要》等文件精神，树立“健康第一”的教育思想，积极开展“阳光体育活动”，在教学内容、教学方法和考核等方面进行一系列教学改革，开设的体育教学项目有：篮球、足球、排球等20余项，已构建具有淮阴工学院特色的公共体育课程体系。校运动队在省市比赛中屡创佳绩。2010年获“江苏省体育工作先进学校”、2011年在江苏省教育厅组织的普通高校公共体育课程建设考核中获优秀等级。